先日設定したサーバでMuninをインストールして監視していたのですが、どうもMySQL関連のプラグイン(mysql_bytes, mysql_queries, mysql_threadsなど)でグラフが描画されず、どうしたものかと思ってぐぐってみたところ、このエントリを見つけました。まさにビンゴで /etc/munin/plugin-conf.d/munin-node に以下の行を足してmunin-nodeをrestartしたところ、うまくグラフが描画されるようになりました。
env.mysqladmin /usr/local/bin/mysqladmin
Muninの問題なのか何なのか、自分のケースでは mysql 関連のコマンドを /usr/local/bin/ 配下にインストールしてたので、ここにPATHが通っていなかったのが問題のようです。
$ sudo -umunin munin-run mysql_bytes
と実行してもうまく数値が出てきたのでどうしたものかと悩んでいたのですが、解決してすっきりしました。