おそらくvirtualenv使ってると発生するのだと思うのですが、AppEngine for Pythonで下記のようなエラーがでました。
File "/Applications/GoogleAppEngineLauncher.app/Contents/Resources/GoogleAppEngine-default.bundle/Contents/Resources/google_appengine/google/appengine/ext/webapp/__init__.py", line 61, in
import cgi
ImportError: No module named cgi
/usr/local/bin/dev_appserver.py の1行目のshebangを
#!/usr/bin/env/python
↓
#!/usr/bin/python
にしたら直りました。